Τα φλεγμονώδη νοσήματα του εντέρου (IBD) είναι μια σχετικά κοινή παθολογική κατάσταση και χαρακτηρίζονται από τη χρόνια φλεγμονή του εντέρου. Τα σημαντικότερα φλεγμονώδη νοσήματα του εντέρου είναι η ελκώδης κολίτιδα και η νόσος του Crohn. Παρόλο που και οι δύο διαταραχές μπορούν να εμφανίσουν συμπτώματα όπως η διάρροια, η αιμορραγία, η παρουσία βλέννας στα κόπρανα και το κοιλιακό άλγος, η ελκώδης κολίτιδα τυπικά εντοπίζεται στο παχύ έντερο ενώ η νόσος του Crohn συνήθως προσβάλλει το λεπτό έντερο. Ο εντοπισμός των αιτιολογικών παραγόντων μπορεί να βοηθήσει στην αναστολή της εξέλιξης των φλεγμονωδών νοσημάτων του εντέρου.