Επιληψία, Πλήρης Γονιδιακός Έλεγχος - Επιληψία, Γενετικός Έλεγχος με NGS. Γονίδια: AARS, ABAT, ABCA2, ABCD1, ACTL6B, ACY1, ADAM22, ADAR, ADNP, ADPRHL2, ADSL, AFG3L2, AGA, AIFM1, AIMP1, ALDH3A2, ALDH5A1, ALDH7A1, ALG13, ALG6, ALKBH8, AMACR, AMT, ANKRD11, AP2M1, AP3B2, AP4B1, AP4E1, AP4M1, AP4S - Γενετικός Έλεγχος Παθήσεων Νευρικού Συστήματος | Αγοράστε την εξέταση online

Ο Πλήρης Γονιδιακός Έλεγχος για την Επιληψία χρησιμοποιεί τεχνολογία αλληλούχισης νέας γενιάς (NGS) για την ανάλυση 511 γονιδίων που σχετίζονται με επιληπτικά σύνδρομα και συναφείς νευροαναπτυξιακές διαταραχές. Πρόκειται για στοχευμένο πάνελ γονιδίων, σχεδιασμένο ώστε να υποστηρίζει την ακριβή διάγνωση, την εκτίμηση του κινδύνου και την πρόληψη.

Περισσότερες Πληροφορίες

Ο Πλήρης Γονιδιακός Έλεγχος για την Επιληψία αποτελεί μια προηγμένη γενετική εξέταση που αποσκοπεί στην ανίχνευση μεταλλάξεων σε ευρύ φάσμα γονιδίων που σχετίζονται με την επιληψία και τα συναφή επιληπτικά σύνδρομα. Η επιληψία είναι μια σύνθετη νευρολογική διαταραχή που χαρακτηρίζεται από επαναλαμβανόμενες μη προκλητές κρίσεις, με την κληρονομική βάση της να αναγνωρίζεται όλο και περισσότερο, τόσο σε ιδιοπαθείς όσο και σε συνδρομικές μορφές. Ο πλήρης γονιδιακός έλεγχος για την επιληψία επιτρέπει την ακριβή μοριακή διάγνωση, την εξατομικευμένη θεραπευτική προσέγγιση και την πρόγνωση μέσω της γενετικής συμβουλευτικής.

Η επιληψία μπορεί να εμφανιστεί σε οποιαδήποτε ηλικία, με εκδηλώσεις που περιλαμβάνουν εστιακές ή γενικευμένες κρίσεις, συχνά σε συνδυασμό με αναπτυξιακή καθυστέρηση, γνωσιακές διαταραχές ή άλλες νευρολογικές εκδηλώσεις. Οι γενετικές αιτίες είναι συχνότερες σε περιπτώσεις πρώιμης έναρξης ή επιληψίας ανθεκτικής στη θεραπεία. Έτσι, ο εντοπισμός του υποκείμενου γενετικού ελαττώματος είναι κρίσιμος για την καθορισμένη ταξινόμηση, τη θεραπευτική στρατηγική και την εκτίμηση του κινδύνου για τα άλλα μέλη της οικογένειας. Εκδηλώσεις όπως το σύνδρομο Dravet, το σύνδρομο Lennox-Gastaut, οι βρεφικοί σπασμοί και οι επιληπτικές εγκεφαλοπάθειες σχετίζονται συχνά με συγκεκριμένες γενετικές παραλλαγές.

Ο πλήρης γονιδιακός έλεγχος για την επιληψία καλύπτει ευρύ φάσμα γονιδίων, όπως SCN1A, SCN2A, KCNQ2, KCNQ3, DEPDC5, CDKL5, STXBP1, GABRA1, PCDH19, SLC2A1, TSC1, TSC2 και άλλα. Τα γονίδια αυτά εμπλέκονται στη νευρωνική διέγερση, στη συναπτική μετάδοση, στη λειτουργία των ιοντικών διαύλων, στην ανάπτυξη του φλοιού και στη ρύθμιση των νευροδιαβιβαστών. Ο πλήρης γονιδιακός έλεγχος για την επιληψία ενδείκνυται σε άτομα με ανεξήγητη επιληψία, πρώιμη έναρξη κρίσεων, αναπτυξιακή υποστροφή, μη ανταπόκριση σε φαρμακευτική θεραπεία ή οικογενειακό ιστορικό επιληψίας.

Η ανίχνευση παθογόνων μεταλλάξεων προσφέρει σαφή μοριακή διάγνωση, η οποία μπορεί να επηρεάσει τις θεραπευτικές αποφάσεις, όπως τη χορήγηση συγκεκριμένων αντιεπιληπτικών φαρμάκων, την εφαρμογή κετογονικής δίαιτας ή την αποφυγή αναστολέων διαύλων νατρίου σε συγκεκριμένους γονότυπους. Παράλληλα, επιτρέπει την πρόβλεψη της πορείας της νόσου, την εκτίμηση του κινδύνου υποτροπής στους απογόνους και τη συμμετοχή σε κλινικές μελέτες ή θεραπείες με γονιδιακή στόχευση. Σε κάποιες περιπτώσεις ενδέχεται να εντοπιστούν παραλλαγές αβέβαιης σημασίας, οι οποίες απαιτούν προσεκτική αξιολόγηση σε συνάρτηση με την κλινική εικόνα και το οικογενειακό ιστορικό. Ένα αρνητικό αποτέλεσμα δεν αποκλείει την ύπαρξη γενετικής αιτίας, καθώς μπορεί να εμπλέκονται γονίδια που δεν περιλαμβάνονται στο πάνελ ή μεταλλάξεις που δεν είναι ανιχνεύσιμες με τις υπάρχουσες μεθόδους.

Αυξημένος γενετικός κίνδυνος τεκμηριώνεται όταν εντοπίζεται παθογόνος παραλλαγή σε γονίδιο με ισχυρή συσχέτιση με την επιληψία, ιδιαίτερα σε περιπτώσεις νεογνικής έναρξης ή με συνδρομικά χαρακτηριστικά. Μειωμένος κίνδυνος υποδηλώνεται όταν δεν ανιχνεύονται παραλλαγές, αν και η κλινική αξιολόγηση παραμένει απαραίτητη. Η ενσωμάτωση των γενετικών δεδομένων με τα απεικονιστικά ευρήματα, το ηλεκτροεγκεφαλογράφημα και την κλινική εικόνα είναι καθοριστική για την ακριβή διάγνωση, την επιλογή θεραπείας και τη μακροχρόνια νευρολογική υποστήριξη.

Η εξέταση διενεργείται σε κλινικό εργαστήριο διαπιστευμένο κατά ISO 15189 και πιστοποιημένο από CLIA και CAP, εξασφαλίζοντας την εγκυρότητα, την ακρίβεια και τη διεθνή αναγνώριση των αποτελεσμάτων.

Γονίδια A-O και Συσχετιζόμενοι Φαινότυποι (Πλήρης Γονιδιακός Έλεγχος για την Επιληψία)

Γονίδιο	Σχετικοί φαινότυποι	Κληρονομικότητα	ClinVar	HGMD
AARS	Epileptic encephalopathy, early infantile, Charcot-Marie-Tooth disease	AD/AR	9	16
ABAT	GABA-transaminase deficiency	AR	11	12
ABCA2	Intellectual disability and seizures	AR		4
ABCD1*	Adrenoleukodystrophy	XL	95	663
ACTL6B	Epilepitic encephalopathy	AD/AR	1	3
ACY1	Aminoacylase 1 deficiency	AR	5	14
ADAM22	Early infantile epileptic encephalopathy	AR	2	3
ADAR	Dyschromatosis symmetrica hereditaria, Aicardi-Goutières syndrome	AD/AR	25	226
ADNP	Helsmoortel-van der Aa syndrome (Intellectual disability, autosomal dominant 28)	AD	44	66
ADPRHL2	Neurodegeneration, childhood-onset, with brain atrophy	AR		1
ADSL	Adenylosuccinase deficiency	AR	24	57
AFG3L2*	Spastic ataxia, Spinocerebellar ataxia	AD/AR	22	40
AGA	Aspartylglucosaminuria	AR	48	37
AIFM1	Deafness, Combined oxidative phosphorylation deficiency 6, Cowchock syndrome	XL	27	31
AIMP1	Leukodystrophy, hypomyelinating	AR	4	5
ALDH3A2	Sjogren-Larsson syndrome	AR	74	111
ALDH5A1#	Succinic semialdehyde dehydrogenase deficiency	AR	16	70
ALDH7A1	Epilepsy, pyridoxine-dependent	AR	52	123
ALG13	Congenital disorder of glycosylation	XL	5	12
ALG6	Congenital disorder of glycosylation	AR	28	24
ALKBH8	Intellectual disability, autosomal recessive	AR
AMACR	Alpha-methylacyl-CoA racemase deficiency, Bile acid synthesis defect	AR	3	8
AMT	Glycine encephalopathy	AR	42	95
ANKRD11*	KBG syndrome	AD	142	132
AP2M1	Epilepitic encephalopathy	AD
AP3B2	Epileptic encephalopathy, early infantile, 48		6	12
AP4B1	Spastic paraplegia 47, autosomal recessive	AR	17	18
AP4E1	Stuttering, familial persistent, 1, Spastic paraplegia 51, autosomal recessive	AD/AR	7	15
AP4M1	Spastic paraplegia 50, autosomal recessive	AR	16	13
AP4S1#*	Spastic paraplegia 52, autosomal recessive	AR	9	8
APOPT1	Mitochondrial complex IV deficiency	AR	4	5
ARG1	Hyperargininemia	AR	28	54
ARHGEF9	Epileptic encephalopathy, early infantile	XL	10	23
ARID1B	Coffin-Siris syndrome, Intellectual developmental disorder	AD	153	185
ARSA	Metachromatic leukodystrophy	AR	113	246
ARV1#	Epileptic encephalopathy, early infantile, 38		2	3
ARX	Lissencephaly, Epileptic encephalopathy, Corpus callosum, agenesis of, with abnormal genitalia, Partington syndrome, Proud syndrome, Hydranencephaly with abnormal genitalia, Intellectual developmental disorder	XL	66	93
ASAH1	Spinal muscular atrophy with progressive myoclonic epilepsy, Farber lipogranulomatosis	AR	16	71
ASNS*	Asparagine synthetase deficiency	AR	21	26
ASPA	Aspartoacylase deficiency (Canavan disease)	AR	54	102
ASXL3	Bainbridge-Ropers syndrome	AD	45	49
ATAD1*			3	3
ATP13A2	Parkinson disease (Kufor-Rakeb syndrome)	AR	21	40
ATP1A1	Charcot-Marie-Tooth disease	AD	8	10
ATP1A2	Migraine, familial hemiplegic, Alternating hemiplegia of childhood, Migraine, familial hemiplegic, 2, Migraine, familial basilar	AD/AR	36	96
ATP1A3	Alternating hemiplegia of childhood, Dystonia 12	AD	79	112
ATP6V1A	Cutis laxa, autosomal recessive, type IID, Epileptic encephalopathy	AD/AR	8	8
ATRX	Carpenter-Waziri syndrome, Alpha-thalassemia/mental retardation syndrome, Holmes-Gang syndrome, Juberg-Marsidi syndrome, Smith-Fineman-Myers syndrome, Mental retardation-hypotonic facies syndrome	XL	65	165
BCKDK	Branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase deficiency	AR	4	5
BRAT1	Rigidity and multifocal seizure syndrome, lethal neonatal	AR	19	18
BTD	Biotinidase deficiency	AR	170	247
C12ORF57	Corpus callosum hypoplasia, recessive, Temtamy syndrome	AR	7	6
CACNA1A	Migraine, familial hemiplegic, Episodic ataxia, Spinocerebellar ataxia 6, Epileptic encephalopathy, early infantile, 42	AD	135	230
CACNA1B	Dystonia 23, Early infantile epileptic encephalopathy	AD/AR	28	3
CACNA1D	Primary aldosteronism, seizures, and neurologic abnormalities, Sinoatrial node dysfunction and deafness	AD/AR	7	8
CACNA1E	Epileptic encephalopathy	AD	8	6
CACNA1G	Spinocerebellar ataxia 42	AD	8	11
CACNA1H	Childhood absence epilepsy	AD	9	55
CACNA2D2	Early infantile epileptic encephalopathy, High voltage gated calcium channelopathy-related, autosomal recessive	AR	5	5
CACNB4	Episodic ataxia, Epilepsy, idiopathic generalized, susceptibility to, 9	AD	2	7
CAD	Epileptic encephalopathy, early infantile, 50 (Congenital disorder of glycosylation, type Iz)	AR	8	10
CAMK2B	Neurodevelopmental disorder	AD	7	9
CARS2	Combined oxidative phosphorylation deficiency 27	AR	6	4
CASK	Intellectual developmental disorder and microcephaly with pontine and cerebellar hypoplasia, FG syndrome, Intellectual developmental disorder	XL	87	112
CASR	Hypocalcemia, Neonatal hyperparathyroidism, Familial Hypocalciuric hypercalcemia with transient Neonatal hyperparathyroidism	AD/AR	104	396
CC2D1A	Mental retardation, autosomal recessive 3	AR	3	7
CDK9		AR		1
CDKL5	Epileptic encephalopathy, early infantile, Rett syndrome, atypical, Angelman-like syndrome	XL	312	331
CERS1	Epilepsy, progressive myoclonic	AR	11	1
CHD2	Epileptic encephalopathy, childhood-onset	AD	85	59
CHRNA2	Epilepsy, nocturnal frontal lobe	AD	3	7
CHRNA4	Epilepsy, nocturnal frontal lobe	AD	8	18
CHRNB2	Epilepsy, nocturnal frontal lobe	AD	9	13
CLCN2	Leukoencephalopathy with ataxia, Epilepsy	AD/AR	30	36
CLCN4	Intellectual developmental disorder	XL	21	17
CLN3	Neuronal ceroid lipofuscinosis, type 3	AR	100	72
CLN5	Neuronal ceroid lipofuscinosis, type 5	AR	62	47
CLN6	Neuronal ceroid lipofuscinosis, type 6	AR	41	83
CLN8	Neuronal ceroid lipofuscinosis, type 8	AR	45	44
CLTC	Intellectual developmental disorder	AD	20	14
CNKSR2	Epileptic encephalopathy, X-linked mental retardation, Epilepsy and X-linked mental retardation	XL	7	6
CNPY3	Epileptic encephalopathy	AR	3	3
CNTNAP2	Pitt-Hopkins like syndrome, Cortical dysplasia-focal epilepsy syndrome	AR	45	71
COA7	Spinocerebellar ataxia, Charcot-Marie-Tooth disease	AR	2	7
COL4A1	Schizencephaly, Anterior segment dysgenesis with cerebral involvement, Retinal artery tortuosity, Porencephaly, Angiopathy, hereditary, with nephropathy, aneurysms, and muscle cramps, Brain small vessel disease	AD	58	107
COL4A2	Hemorrhage, intracerebral	AD	14	12
COL4A3BP	Mental retardation, autosomal dominant 34	AD	6	7
COQ2	Coenzyme Q10 deficiency	AR	16	31
COQ4	Coenzyme Q10 deficiency 7	AR	14	13
COX15	Leigh syndrome, Cardioencephalomyopathy, fatal infantile, due to cytochrome c oxidase deficiency	AR	7	5
COX6B1	Mitochondrial complex IV deficiency	AR	2	3
CPLX1			3	3
CPT2	Carnitine palmitoyltransferase II deficiency	AR	72	111
CSF1R	Leukoencephalopathy, diffuse hereditary, with spheroids	AD/AR	56	83
CSNK2B	Intellectual disability and seizures	AD	7	5
CSTB	Epilepsy, progressive myoclonic	AR	19	15
CTC1	Cerebroretinal microangiopathy with calcifications and cysts	AR	21	33
CTSD	Ceroid lipofuscinosis, neuronal	AR	12	18
CTSF	Neuronal ceroid lipofuscinosis	AR	8	11
CUL4B	Mental retardation, syndromic, Cabezas	XL	23	38
CUX2			2	2
CYFIP2	Early infantile epileptic encephalopathy, Epilepsy	AD	2	3
CYP27A1	Cerebrotendinous xanthomatosis	AR	69	110
D2HGDH	D-2-hydroxyglutaric aciduria 1	AR	13	33
DARS	Hypomyelination with brainstem and spinal cord involvement and leg spasticity	AR	11	17
DARS2	Leukoencephalopathy with brain stem and spinal cord involvement and lactate elevation	AR	27	61
DCX	Lissencephaly, Subcortical laminal heterotopia	XL	131	142
DDC	Aromatic l-amino acid decarboxylase deficiency	AR	14	51
DDX3X	Mental retardation, X-linked 102	XL	84	51
DEAF1#	Mental retardation, autosomal dominant 24, Dyskinesia, seizures, and intellectual development disorder	AD	13	17
DEGS1#	Leukodystrophy, hypomyelinating	AR
DENND5A	Epileptic encephalopathy, early infantile, 49	AR	6	6
DEPDC5	Epilepsy, familial focal, with variable foci	AD	87	78
DHDDS	Retinitis pigmentosa, Developmental delay and seizures with or without movement abnormalities (DEDSM)	AD/AR	5	8
DHFR*	Megaloblastic anemia due to dihydrofolate reductase deficiency	AR	2	5
DHPS#		AR
DIAPH1	Seizures, cortical blindness, and microcephaly syndrome (SCBMS), Deafness, autosomal dominant 1	AD/AR	10	15
DMXL2	Deafness, autosomal dominant, 71, Polyendocrine-polyneuropathy syndrome, Epileptic encephalopathy, early infantile	AD/AR	2	6
DNAJC5	Kufs disease,, Ceroid lipofuscinosis, neuronal 4, Parry	AD	2	2
DNM1*	Epileptic encephalopathy, early infantile	AD/AR	28	24
DNM1L	Encephalopathy due to defective mitochondrial and peroxisomal fission 1	AD/AR	17	20
DOCK7	Epilepitic encephalopathy	AR	21	7
DOLK	Congenital disorder of glycosylation	AR	8	11
DPAGT1	Congenital disorder of glycosylation, Myasthenic syndrome, congenital	AR	16	32
DPM1	Congenital disorder of glycosylation	AR	9	8
DPM2	Congenital disorder of glycosylation	AR	2	2
DPYD	5-fluorouracil toxicity	AD/AR	62	86
DPYS	Dihydropyriminidase deficiency	AR	8	29
DYNC1H1	Spinal muscular atrophy, Charcot-Marie-Tooth disease, Intellectual developmental disorder	AD	60	71
DYRK1A	Intellectual developmental disorder	AD	94	77
EARS2	Combined oxidative phosphorylation deficiency	AR	14	30
ECHS1	Mitochondrial short-chain enoyl-CoA hydratase 1 deficiency	AR	23	33
ECM1	Lipoid proteinosis	AR	13	61
EEF1A2	Epileptic encephalopathy, early infantile, Intellectual developmental disorder	AD	17	12
EFHC1	Epilepsy, myoclonic juvenile, Epilepsy, severe intractable, Epilepsy, juvenile absence	AD/AR	5	38
EIF2B1	Leukoencephalopathy with vanishing white matter, Ovarioleukodystrophy	AD/AR	7	9
EIF2B2	Leukoencephalopathy with vanishing white matter, Ovarioleukodystrophy	AR	12	28
EIF2B3	Leukoencephalopathy with vanishing white matter, Ovarioleukodystrophy	AR	6	22
EIF2B4	Leukoencephalopathy with vanishing white matter, Ovarioleukodystrophy	AR	8	30
EIF2B5	Leukoencephalopathy with vanishing white matter, Ovarioleukodystrophy	AR	20	98
EIF3F	Intellectual disability, autosomal recessive	AR
EML1	Band heterotopia	AR	7	4
EPM2A	Epilepsy, progressive myoclonic	AR	17	77
EPRS	Leukodystrophy, hypomyelinating	AR	6	6
ETFA	Glutaric aciduria, Multiple acyl-CoA dehydrogenase deficiency	AR	8	29
ETFB	Glutaric aciduria, Multiple acyl-CoA dehydrogenase deficiency	AR	6	15
ETFDH	Glutaric aciduria, Multiple acyl-CoA dehydrogenase deficiency	AR	43	190
ETHE1	Ethylmalonic encephalopathy	AR	38	36
FA2H	Spastic paraplegia	AR	18	51
FAM126A	Leukodystrophy, hypomyelinating	AR	8	12
FAR1*	Peroxisomal fatty acyl-CoA reductase 1 disorder	AR	4	4
FARS2	Combined oxidative phosphorylation deficiency 14, Spastic paraplegia 77, autosomal recessive	AR	17	20
FDFT1	Growth retardation, developmental delay, and facial dysmorphism	AR	3	5
FDX1L	Myopathy	AR	1	2
FGF12	Epileptic encephalopathy, early infantile, 47	AD	6	10
FH	Hereditary leiomyomatosis and renal cell cancer, Fumarase deficiency	AD/AR	178	207
FKTN	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy, Dilated cardiomyopathy (DCM), Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle)	AR	45	58
FLNA	Frontometaphyseal dysplasia, Osteodysplasty Melnick-Needles, Otopalatodigital syndrome type 1, Otopalatodigital syndrome type 2, Terminal osseous dysplasia with pigmentary defects, Periventricular nodular heterotopia 1, Melnick-Needles syndrome, Intestinal pseudoobstruction, neuronal, X-linked/Congenital short bowel syndrome, Cardiac valvular dysplasia, X-linked	XL	133	257
FOLR1	Cerebral folate deficiency	AR	10	28
FOXG1	Rett syndrome, congenital variant	AD	106	156
FOXRED1	Leigh syndrome, Mitochondrial complex I deficiency	AR	15	8
FRRS1L	Epileptic encephalopathy, early infantile, 37	AR	9	6
FUT8	Congenital disorder of glycosylation	AR	4	4
GABBR2	Epileptic encephalopathy	AD	5	5
GABRA1	Epileptic encephalopathy, early infantile, Epilepsy, childhood absence, Epilepsy, juvenile myoclonic	AD	24	35
GABRB1	Epileptic encephalopathy, early infantile, 45	AD	3	4
GABRB2	Epileptic encephalopathy	AD	19	15
GABRB3	Epilepsy, childhood absence	AD	19	57
GABRG2#	Generalized epilepsy with febrile seizures plus, Familial febrile seizures, Dravet syndrome, Epilepsy, childhood absence	AD	34	34
GALC	Krabbe disease	AR	107	243
GAMT	Guanidinoacetate methyltransferase deficiency	AR	18	58
GCDH	Glutaric aciduria	AR	90	241
GCH1	Dopa-Responsive Dystonia Hyperphenylalaninemia, BH4-deficient, GTP Cyclohydrolase 1-Deficient Dopa-Responsive Dystonia	AD/AR	48	240
GCSH	Glycine encephalopathy	AR	4	2
GFAP	Alexander disease	AD	114	131
GFM1	Combined oxidative phosphorylation deficiency	AR	19	19
GFM2#	Combined oxidative phosphorylation deficiency	AR	5	6
GJC2	Spastic paraplegia, Lymphedema, hereditary, Leukodystrophy, hypomyelinating	AD/AR	26	57
GLB1	GM1-gangliosidosis, Mucopolysaccharidosis (Morquio syndrome)	AR	90	220
GLDC	Glycine encephalopathy	AR	139	425
GLRB	Hyperekplexia 2	AR	6	18
GLS			1	2
GLUD1*	Hyperammonemia-hyperinsulinism, Hyperinsulinemic hypoglycemia	AD/AR	14	38
GNAO1	Epileptic encephalopathy, early infantile, Epileptic encephalopathy, early infantile, 17	AD	26	35
GNB1	Mental retardation, autosomal dominant 42	AD	15	24
GNE	Proximal myopathy and ophthalmoplegia, Nonaka myopathy, Sialuria	AD/AR	78	214
GOLGA2	Microcephaly, seizures, and developmental delay	AR		2
GOSR2*	Epilepsy, progessive myoclonic	AR	6	4
GPAA1	Cerebellar atrophy, developmental delay, and seizures (CADEDS)	AR	7	9
GPHN	Hyperekplexia, Molybdenum cofactor deficiency	AD/AR	35	20
GRIA3	Intellectual developmental disorder	XL	12	23
GRIA4	Intellectual disability and seizures		5	5
GRIK2	Neurodevelopmental disorder	AD/AR	2	7
GRIN1	Beck-Fahrner syndrome, Mental retardation, autosomal dominant 8	AD/AR	37	38
GRIN2A	Epilepsy, focal, with speech disorder	AD	65	95
GRIN2B	Epileptic encephalopathy, early infantile, Intellectual developmental disorder	AD	64	69
GRIN2D	Epileptic encephalopathy, early infantile, 46	AD	1	2
GRN	Frontotemporal lobar degeneration with TDP43 inclusions, GRN-related, Neuronal ceroid lipofuscinosis	AD/AR	43	214
GTPBP3	Combined oxidative phosphorylation deficiency 23	AR	14	15
GUF1	Epileptic encephalopathy, early infantile 40		1	1
HACE1	Spastic paraplegia and psychomotor retardation with or without seizures	AR	13	13
HCN1	Epileptic encephalopathy, early infantile	AD	13	14
HCN2*	Epilepsy	AD/AR	1	8
HECW2	Neurodevelopmental disorder with hypotonia, seizures, and absent language	AD	9	10
HEPACAM	Megalencephalic leukoencephalopathy with subcortical cysts, remitting	AD/AR	12	26
HIBCH	3-hydroxyisobutryl-CoA hydrolase deficiency	AR	18	16
HNRNPU	Intellectual disability and seizures	AD	38	66
HSD17B10	17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase deficiency, Mental retardation, syndromic	XL	10	15
HSPD1*	Spastic paraplegia, Leukodystrophy, hypomyelinating	AD/AR	5	5
HTRA1	Cerebral arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy type 2 (CADASIL2), Cerebral autosomal recessive arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy (CARASIL)	AD/AR	25	46
HTT	Huntington disease, Lopes-Maciel-Rodan syndrome (LOMARS)	AD/AR	8	7
IBA57	Multiple mitochondrial dysfunctions syndrome 3, Spastic paraplegia 74, autosomal recessive	AR	14	23
ICK	Endocrine-cerebroosteodysplasia, Epilepsy, juvenile myoclonic	AD/AR	1	3
IER3IP1	Microcephaly, epilepsy, and diabetes syndrome	AR	5	3
IFIH1	Singleton-Merten syndrome, Aicardi-Goutieres syndrome 7	AD/AR	14	19
IQSEC2	Intellectual developmental disorder	XL	55	56
IRF2BPL	Neurodevelopmental disorder with hypotonia, seizures, and absent language	AD	9	2
ITPA	Epileptic encephalopathy, early infantile, 35	AR	7	5
KCNA1	Episodic ataxia/myokymia syndrome	AD	24	45
KCNA2	Epileptic encephalopathy, early infantile	AD	15	21
KCNB1	Early infantile epileptic encephalopathy	AD	27	30
KCNC1	Epilepsy, progressive myoclonic	AD	5	3
KCNH1	Temple-Baraitser syndrome, Zimmermann-Laband syndrome 1	AD/AR	16	13
KCNJ10	Seizures, sensorineural deafness, ataxia, mental retardation, and electrolyte imbalance (SESAME syndrome), Pendred syndrome, Enlarged vestibular aqueduct	AR/Digenic	13	29
KCNMA1	Paroxysmal nonkinesigenic dyskinesia 3 with or without generalized epilepsy (PNKD3), Cerebellar atrophy, developmental delay, and seizures (CADEDS)	AD/AR	5	9
KCNQ2	Epileptic encephalopathy, early infantile, Benign familial neonatal seizures, Myokymia	AD	335	274
KCNQ3	Seizures, benign neonatal	AD	20	24
KCNQ5	Mental retardation, autosomal dominant 46	AD	6	5
KCNT1	Epilepsy, nocturnal frontal lobe	AD	31	39
KCNT2	Epileptic encephalopathy	AD	2	5
KCTD3	Epileptic encephalopathy	AR	1	3
KCTD7	Epilepsy, progressive myoclonic	AR	18	20
KDM5C	Mental retardation, syndromic, Claes-Jensen	XL	47	55
KIAA1715#		AR	4
KIAA2022	Intellectual developmental disorder	XL	42	40
KIF1A	Spastic paraplegia, Neuropathy, hereditary sensory, Intellectual developmental disorder	AD/AR	63	42
KIF5A	Spastic paraplegia	AD	18	62
KIF5C	Cortical dysplasia, complex, with other brain malformations 2	AD	6	5
KMT2E	Neurodevelopmental disorder	AD		4
L2HGDH	L-2-hydroxyglutaric aciduria	AR	15	79
LGI1	Epilepsy, familial temporal lobe	AD	28	54
LIAS	Pyruvate dehydrogensae lipoic acid synthetase deficiency	AR	11	8
LMNB1	Leukodystrophy, demyelinating, adult-onset, autosomal dominant	AD	2	35
LMNB2	Liopdystrophy, partial, acquired, Epilepsy, progressive myoclonic, 9	AD/AR	1	5
LRPPRC	Leigh syndrome, French-Canadian type	AR	55	17
LYRM7	Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 8	AR	5	9
MACF1	Lissencephaly	AD	1	9
MAGI2	Nephrotic syndrome 15	AR	7	27
MARS2	Combined oxidative phosphorylation deficiency	AR	8	5
MBD5	Intellectual developmental disorder	AD	62	90
MBOAT7	Mental retardation, autosomal recessive 57	AR	5	5
MDH2	Epileptic encephalopathy, early infantile, 51	AR	5	9
MECP2	Angelman-like syndrome, Autism, Rett syndrome, Encephalopathy, Intellectual developmental disorder	XL	506	1039
MED12	Ohdo syndrome, Intellectual disability with Marfanoid habitus, FG syndrome, Opitz-Kaveggia syndrome, Lujan-Fryns syndrome	XL	29	30
MED17	Microcephaly, postnatal progressive, with seizures and brain atrophy	AR	4	4
MEF2C	Intellectual developmental disorder	AD	45	84
MFSD8	Ceroid lipofuscinosis, neuronal	AR	27	47
MIPEP*	Combined oxidative phosphorylation deficiency 31	AR	5	8
MLC1	Megalencephalic leukoencephalopathy with subcortical cysts	AR	39	108
MOCS1*	Molybdenum cofactor deficiency	AR	7	35
MOCS2	Molybdenum cofactor deficiency	AR	10	16
MRPL44	Combined oxidative phosphorylation deficiency 16	AR	2	2
MT-ATP6	Neuropathy, ataxia, and retinitis pigmentosa, Leber hereditary optic neuropathy, Ataxia and polyneuropathy, adult-onset, Cardiomyopathy, infantile hypertrophic, Leigh syndrome, Striatonigral degeneration, infantile, mitochondrial	Μιτοχονδριακή	19
MT-ATP8	Cardiomyopathy, apical hypertrophic, and neuropathy, Cardiomyopathy, infantile hypertrophic	Μιτοχονδριακή	4
MT-CO1	Myoglobinuria, recurrent, Leber hereditary optic neuropathy, Sideroblastic anemia, Cytochrome C oxidase deficiency, Deafness, mitochondrial	Μιτοχονδριακή	17
MT-CO2	Cytochrome c oxidase deficiency	Μιτοχονδριακή	8
MT-CO3	Cytochrome c oxidase deficiency, Leber hereditary optic neuropathy	Μιτοχονδριακή	9
MT-CYB		Μιτοχονδριακή	69
MT-ND1	Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes, Leber hereditary optic neuropathy, Leber optic atrophy and dystonia	Μιτοχονδριακή	21
MT-ND2	Leber hereditary optic neuropathy, Mitochondrial complex I deficiency	Μιτοχονδριακή	6
MT-ND3	Leber optic atrophy and dystonia, Mitochondrial complex I deficiency	Μιτοχονδριακή	7
MT-ND4	Leber hereditary optic neuropathy, Leber optic atrophy and dystonia, Mitochondrial complex I deficiency	Μιτοχονδριακή	11
MT-ND4L	Leber hereditary optic neuropathy	Μιτοχονδριακή	2
MT-ND5	Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes, Leber hereditary optic neuropathy, Mitochondrial complex I deficiency	Μιτοχονδριακή	19
MT-ND6	Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes, Oncocytoma, Leber hereditary optic neuropathy, Leber optic atrophy and dystonia, Mitochondrial complex I deficiency	Μιτοχονδριακή	16
MT-RNR1	Deafness, mitochondrial	Μιτοχονδριακή	3
MT-RNR2	Chloramphenicol toxicity/resistance	Μιτοχονδριακή	2
MT-TA		Μιτοχονδριακή	4
MT-TC	Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes	Μιτοχονδριακή	3
MT-TD		Μιτοχονδριακή	1
MT-TE	Diabetes-deafness syndrome, Mitochondrial myopathy, infantile, transient, Mitochondrial myopathy with diabetes	Μιτοχονδριακή	5
MT-TF	Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Nephropathy, tubulointerstitial, Encephalopathy, mitochondrial, Epilepsy, mitochondrial, Myopathy, mitochondrial, Mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes	Μιτοχονδριακή	7
MT-TG		Μιτοχονδριακή	3
MT-TH		Μιτοχονδριακή	4
MT-TI		Μιτοχονδριακή	7
MT-TK	Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Leigh syndrome	Μιτοχονδριακή	5
MT-TL1	Cytochrome c oxidase deficiency, Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes, Diabetes-deafness syndrome, Cyclic vomiting syndrome, SIDS, susceptibility to	Μιτοχονδριακή	14
MT-TL2	Mitochondrial multisystemic disorder, Progressive external ophthalmoplegia, Mitochondrial Myopathy, Mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes	Μιτοχονδριακή	5
MT-TM	Leigh syndrome, Mitochondrial multisystemic disorder	Μιτοχονδριακή	1
MT-TN	Progressive external ophthalmoplegia, Mitochondrial multisystemic disorder	Μιτοχονδριακή	3
MT-TP		Μιτοχονδριακή	2
MT-TQ	Mitochondrial multisystemic disorder	Μιτοχονδριακή	2
MT-TR	Encephalopathy, mitochondrial	Μιτοχονδριακή	2
MT-TS1	Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes	Μιτοχονδριακή	10
MT-TS2	Mitochondrial multisystemic disorder	Μιτοχονδριακή	2
MT-TT		Μιτοχονδριακή	5
MT-TV	Hypertrophic cardiomyopathy (HCM), Leigh syndrome, Mitochondrial multisystemic disorder, Mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes	Μιτοχονδριακή	3
MT-TW	Leigh syndrome, Myopathy, mitochondrial	Μιτοχονδριακή	8
MT-TY	Mitochondrial multisystemic disorder	Μιτοχονδριακή	4
MTFMT	Combined oxidative phosphorylation deficiency 15	AR	15	16
MTHFR	Homocystinuria due to MTHFR deficiency	AR	65	122
MTOR	Smith-Kingsmore syndrome	AD	26	24
NACC1	Neurodevelopmental disorder	AD	2	3
NBEA*	Epilepsy	AD	3	13
NDST1	Mental retardation, autosomal recessive 46	AR	4	7
NDUFAF3	Mitochondrial complex I deficiency	AR	6	9
NDUFAF5	Mitochondrial complex I deficiency	AR	8	12
NDUFAF6	Mitochondrial complex I deficiency, Leigh syndrome	AR	18	10
NDUFS2	Mitochondrial complex I deficiency	AR	5	24
NDUFS4	Mitochondrial complex I deficiency, Leigh syndrome	AR	11	17
NDUFS6	Mitochondrial complex I deficiency	AR	6	7
NDUFS7	Mitochondrial complex I deficiency, Leigh syndrome	AR	5	7
NDUFS8	Mitochondrial complex I deficiency, Leigh syndrome	AR	13	12
NDUFV1	Mitochondrial complex I deficiency	AR	19	35
NECAP1*	Epileptic encephalopathy, early infantile	AR	1	1
NEU1	Sialidosis	AR	22	62
NEUROD2	Epileptic encephalopathy	AD
NFU1	Multiple mitochondrial dysfunctions syndrome 1	AR	6	15
NHLRC1	Epilepsy, progressive myoclonic	AR	14	70
NKX6-2	Spastic ataxia 8, autosomal recessive, with hypomyelinating leukodystrophy	AR	4	8
NOTCH3	Cerebral arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy (CADASIL), Lateral meningocele syndrome	AD	87	364
NPRL2	Epilepsy, familial focal, with variable foci 2	AD	4	8
NPRL3	Epilepsy, familial focal, with variable foci 3	AD	21	10
NR2F1	Bosch-Boonstra optic atrophy syndrome	AD	23	34
NRXN1	Pitt-Hopkins like syndrome, Developmental delay with or without dysmorphic facies and autism	AD/AR	99	311
NSDHL	Congenital hemidysplasia with ichthyosiform erythroderma and limb defects (CHILD syndrome), CK syndrome	XL	15	28
NT5C2	Spastic paraplegia 45	AR	8	7
NTRK2	Obesity, hyperphagia, and developmental delay	AD	4	5
NUBPL	Mitochondrial complex I deficiency	AR	9	10
NUS1*	Congenital disorder of glycosylation, type 1aa		4	5
OCLN#*	Pseudo-TORCH syndrome 1 (Band-like calcification with simplified gyration and polymicrogyria)	AR	13	20
OFD1	Simpson-Golabi-Behmel syndrome, Retinitis pigmentosa, Orofaciodigital syndrome, Joubert syndrome	XL	153	160
OPHN1	Mental retardation, with cerebellar hypoplasia and distinctive facial appearance	XL	28	42

Σημειώσεις

# Το γονίδιο που σημειώνεται με αυτό το σύμβολο έχει μη βέλτιστη κάλυψη. Λιγότερο από το 90% των νουκλεοτιδίων-στόχων του γονιδίου καλύπτονται σε >20x με ποιοτικές αναγνώσεις χαρτογράφησης (MQ>20). Ορισμένα εξόνια που αναφέρονται στην ενότητα Περιορισμοί Ανάλυσης ενδέχεται να αποκλειστούν εάν δεν είναι δυνατή η αξιόπιστη αλληλούχισή τους.

* Ορισμένες ή όλες οι περιοχές του γονιδίου είναι διπλασιασμένες στο γονιδίωμα, γεγονός που μπορεί να μειώσει την ευαισθησία στην ανίχνευση παραλλαγών. Τα γονίδια που σημειώνονται με * ή # ενδέχεται να μην είναι διαθέσιμα ως αναλύσεις μεμονομένων γονιδίων.

Συντμήσεις & Παραπομπές

Γονίδιο → Σύμβολο γονιδίου εγκεκριμένο από την HGNC.
Κληρονομικότητα → αυτοσωμική επικρατής (AD), αυτοσωμική υπολειπόμενη (AR), μιτοχονδριακή (mi), φυλοσύνδετη (XL), φυλοσύνδετη επικρατής (XLD), φυλοσύνδετη υπολειπόμενη (XLR).
ClinVar → αριθμός παθογόνων/πιθανώς παθογόνων παραλλαγών (ClinVar).
HGMD → αριθμός παραλλαγών με πιθανή συσχέτιση με ασθένειες (HGMD).
Συσχετιζόμενοι φαινότυποι → συντάχθηκαν από το CGD ή το Mitomap.

Γονίδια P-Z και Συσχετιζόμενοι Φαινότυποι (Πλήρης Γονιδιακός Έλεγχος για την Επιληψία)

Γονίδιο	Σχετικοί φαινότυποι	Κληρονομικότητα	ClinVar	HGMD
P4HTM	Intellectual disability and seizures	AR
PACS1	Mental retardation, autosomal dominant 17 (Schuss-Hoeijmakers syndrome)	AD	3	2
PACS2	Early infantile epileptic encephalopathy	AD	1	2
PAFAH1B1	Lissencephaly, Subcortical laminar heterotopia	AD	121	169
PARS2	Alpers syndrome	AR	3	6
PCDH19	Epileptic encephalopathy, early infantile	XL	116	200
PEX1	Heimler syndrome, Peroxisome biogenesis factor disorder 1A, Peroxisome biogenesis factor disorder 1B	AR	112	134
PEX10	Adrenoleukodystrophy, neonatal, Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder, Ataxia	AR	34	29
PEX12	Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	43	37
PEX13	Adrenoleukodystrophy, neonatal, Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	9	10
PEX14	Peroxisome biogenesis factor disorder 14, Zellweger syndrome	AR	5	4
PEX16	Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	8	13
PEX19	Peroxisome biogenesis disorder, 19, Zellweger syndrome	AR	3	4
PEX2	Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	16	18
PEX26	Adrenoleukodystrophy, neonatal, Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	13	27
PEX3	Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	4	10
PEX5	Adrenoleukodystrophy, neonatal, Rhizomelic chondrodysplasia punctata, Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	8	14
PEX6	Heimler syndrome, Peroxisome biogenesis disorder 4A, Peroxisome biogenesis disorder 4B	AR	58	107
PGK1	Phosphoglycerate kinase 1 deficiency	XL	16	26
PHACTR1	Epileptic encephalopathy	AD	4	2
PHF6	Borjeson-Forssman-Lehmann syndrome	XL	22	29
PIGA*	Multiple congenital anomalies-hypotonia-seizures syndrome	XL	24	27
PIGB	Epileptic encephalopathy	AR
PIGC*		AR	4	4
PIGG	Mental retardation, autosomal recessive 53	AR	7	6
PIGN*	Multiple congenital anomalies-hypotonia-seizures syndrome 1	AR	33	34
PIGO	Hyperphosphatasia with mental retardation syndrome 2	AR	18	20
PIGP	Epileptic encephalopathy, early infantile, 55	AR		2
PIGQ	Epileptic encephalopathy	AR	3	4
PIGS	Epileptic encephalopathy	AR
PIGT	Multiple congenital anomalies-hypotonia-seizures syndrome 3	AR	13	12
PIGV	Hyperphosphatasia with mental retardation syndrome 1	AR	9	16
PIGW	Hyperphosphatasia with mental retardation syndrome 5	AR	6	4
PITRM1		AR		2
PLAA	Neurodevelopmental disorder		3	3
PLCB1	Epileptic encephalopathy, early infantile	AR	8	10
PLP1	Spastic paraplegia, Pelizaeus-Merzbacher disease	XL	60	348
PNKP	Epileptic encephalopathy, early infantile, Ataxia-oculomotor	AR	34	23
PNPO	Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase deficiency	AR	15	31
POLG	POLG-related ataxia neuropathy spectrum disorders, Sensory ataxia, dysarthria, and ophthalmoparesis, Alpers syndrome, Progressive external ophthalmoplegia with mitochondrial DNA deletions, Mitochondrial DNA depletion syndrome	AD/AR	89	290
POLR3A	Leukodystrophy, hypomyelinating	AR	29	91
POLR3B	Leukodystrophy, hypomyelinating	AD/AR	19	58
PPP2CA	Neurodevelopmental disorder with hypotonia, seizures, and absent language	AD		2
PPP3CA	Epilepitic encephalopathy	AD	8	11
PPT1	Ceroid lipofuscinosis, neuronal	AR	94	77
PRICKLE1	Epilepsy, progressive myoclonic	AD/AR	3	16
PRICKLE2		AD/AR	2	8
PRIMA1	Epilepsy, nocturnal frontal lobe	AR		1
PRODH*	Hyperprolinemia	AR	52	10
PROSC	Epilepsy	AR	7	12
PRRT2	Episodic kinesigenic dyskinesia, Seizures, benign familial infantile, 2, Convulsions, familial infantile, with paroxysmal choreoathetosis	AD	42	99
PRUNE			11	10
PSAP	Krabbe disease, atypical, Metachromatic leukodystrophy due to saposin-b deficiency, Combined saposin deficiency, Gaucher disease, atypical, due to saposin C deficiency	AD/AR	18	26
PSAT1*	Neu-Laxova syndrome 2	AR	9	10
PTPN23	Epileptic encephalopathy	AR	1	4
PTS	Hyperphenylalaninemia, BH4-deficient	AR	34	112
PUM1	Ataxia, Neurodevelopmental disorder	AD	3	11
PURA	Intellectual developmental disorder	AD	74	47
PYCR2	Leukodystrophy, hypomyelinating 10	AR	11	13
QARS	Microcephaly, progressive, seizures, and cerebral and cerebellar atrophy	AR	14	10
QDPR	Hyperphenylalaninemia, BH4-deficient	AR	14	66
RAB11A				4
RAB11B			2	2
RAB39B	Waisman parkinsonism-mental retardation syndrome, Intellectual developmental disorder	XL	6	17
RALA*	Intellectual developmental disorder	AD		1
RARS	Leukodystrophy, hypomyelinating 9	AR	12	11
RELN	Lissencephaly, Epilepsy, familial temporal lobe	AD/AR	25	44
RHOBTB2	Early infantile epileptic encephalopathy	AD	5	5
RMND1*	Combined oxidative phosphorylation deficiency	AR	17	15
RNASEH2A	Aicardi-Goutières syndrome	AR	13	21
RNASEH2B	Aicardi-Goutières syndrome	AR	16	41
RNASEH2C	Aicardi-Goutières syndrome	AR	6	14
RNASET2	Leukoencephalopathy, cystic, without megalencephaly	AR	8	12
RNF13*
RNF216*	Cerebellar ataxia and hypogonadotropic hypogonadism (Gordon Holmes syndrome)	AR	10	14
ROGDI	Kohlschutter-Tonz syndrome	AR	14	13
RORA	Intellectual developmental disorder	AD	6	15
RORB	Epilepsy	AD	3	9
RUSC2			2	2
SAMHD1	Aicardi-Goutières syndrome, Chilblain lupus 2	AD/AR	25	56
SCARB2	Epilepsy, progressive myoclonic	AR	23	27
SCN1A	Migraine, familial hemiplegic, Epileptic encephalopathy, early infantile, Generalized epilepsy with febrile seizures plus, Early infantile epileptic encephalopathy 6, Generalized epilepsy with febrile seizures plus, type 2 , Febrile seizures, familial 3A	AD/AR	718	1585
SCN1B	Atrial fibrillation, Brugada syndrome, Generalized epilepsy with febrile seizures plus, Epilepsy, generalized, with febrile seizures plus, type 1, Epileptic encephalopathy, early infantile, 52	AD	16	31
SCN2A	Epileptic encephalopathy, early infantile, Seizures, benign familial infantile	AD	184	261
SCN3A	Epilepsy, Epileptic encephalopathy	AD	13	17
SCN8A	Cognitive impairment, Epileptic encephalopathy, early infantile	AD	91	93
SCN9A	Paroxysmal extreme pain disorder, Small fiber neuropathy, Erythermalgia, primary, Generalized epilepsy with febrile seizures plus, type 7, Insensitivity to pain, congenital, autosomal recessive	AD/AR	61	125
SCO1	Mitochondrial complex IV deficiency	AR	6	5
SDHAF1	Mitochondrial complex II deficiency	AR	4	6
SERAC1	3-methylglutaconic aciduria with deafness, encephalopathy, and Leigh-like syndrome	AR	22	52
SERPINI1	Encephalopathy, familial, with neuroserpin inclusion bodies	AD	5	9
SETBP1	Mental retardation, autosomal dominant 29, Schinzel-Giedion midface retraction syndrome	AD	23	46
SETD1B	Intellectual disability and seizures	AD		7
SGSH	Mucopolysaccharidosis (Sanfilippo syndrome)	AR	55	148
SIK1	Epileptic encephalopathy, early infantile	AD	5	6
SLC12A5	Epileptic encephalopathy, early infantile	AD/AR	6	14
SLC13A5	Epileptic encephalopathy, early infantile	AR	18	20
SLC19A3	Thiamine metabolism dysfunction syndrome	AR	32	37
SLC1A2	Epileptic encephalopathy, early infantile, 41	AD	6	7
SLC1A4	Spastic tetraplegia, thin corpus callosum, and progressive microcephaly	AR	4	8
SLC25A1	Combined D-2- and L-2-hydroxyglutaric aciduria	AR	8	24
SLC25A15*	Hyperornithinemia-hyperammonemia-homocitrullinemia syndrome	AR	24	36
SLC25A22	Epileptic encephalopathy, early infantile	AR	8	10
SLC25A42		AR	1	1
SLC2A1	Stomatin-deficient cryohydrocytosis with neurologic defects, Epilepsy, idiopathic generalized, GLUT1 deficiency syndrome	AD/AR	106	275
SLC35A1	Congenital disorder of glycosylation	AR	4	5
SLC35A2	Congenital disorder of glycosylation	XL	16	16
SLC39A8#	Congenital disorder of glycosylation, type IIn	AR	7	6
SLC46A1	Folate malabsorption	AR	17	23
SLC6A1	Myoclonic-astastic epilepsy	AD	38	41
SLC6A5	Hyperekplexia	AD/AR	15	33
SLC6A8*	Creatine deficiency syndrome	XL	38	133
SLC9A6	Mental retardation, syndromic, Christianson	XL	24	28
SMARCA2	Nicolaides-Baraitser syndrome	AD	41	73
SMC1A	Cornelia de Lange syndrome	XL	73	87
SMS	Mental retardation, Snyder-Robinson	XL	11	14
SNAP25	Myasthenic syndrome, congenital	AD	2	4
SNORD118	Leukoencephalopathy, brain calcifications, and cysts (Labrune syndrome)	AR	6	39
SOX10	Peripheral demyelinating neuropathy, central dysmyelination, Waardenburg syndrome, and Hirschsprung disease, Kallmann syndrome	AD	56	148
SPATA5	Developmental delay with or without dysmorphic facies and autism, Epilepsy, hearing loss, and mental retardation syndrome (EHLMRS)	AR	27	27
SPTAN1	Epileptic encephalopathy, early infantile	AD	16	40
SPTBN4	Myopathy, congenital, with neuropathy and deafness	AR	6	7
SSR4	Congenital disorder of glycosylation	XL	5	7
ST3GAL3	Epileptic encephalopathy, early infantile, Intellectual developmental disorder	AR	3	5
ST3GAL5	Ganglioside GM3 synthase deficiency	AR	10	5
STRADA	Polyhydramnios, megalencephaly, and symptomatic epilepsy	AR	6	4
STX1B	Generalized epilepsy with febrile seizures plus	AD	11	9
STXBP1	Epileptic encephalopathy, early infantile	AD	140	190
SUMF1	Multiple sulfatase deficiency	AR	21	53
SUOX	Sulfocysteinuria	AR	8	29
SYN1	Epilepsy, with variable learning disabilities and behavior disorders	XL	12	8
SYNGAP1	Intellectual developmental disorder	AD	102	83
SYNJ1	Epileptic encephalopathy, early infantile, 53, Parkinson disease 20, early-onset	AR	12	25
SZT2	Epileptic encephalopathy, early infantile	AR	20	24
TAF1	Dystonia 3, torsion, X-linked, Mental retardation, X-linked, syndromic 33	XL	13	14
TANGO2	Metabolic encephalomyopathic crises, recurrent, with rhabdomyolysis, cardiac arrhythmias, and neurodegeneration (MECRCN)	AR	13	9
TBC1D20	Warburg micro syndrome 4	AR	6	6
TBC1D24	Deafness, onychodystrophy, osteodystrophy, mental retardation, and seizures (DOORS) syndrome, Deafness, autosomal dominant, 65, Myoclonic epilepsy, infantile, familial, Epileptic encephalopathy, early infantile, 16, Deafness, autosomal recessive 86	AD/AR	43	55
TBCD	Early-onset progressive encephalopathy with brain atrophy and thin corpus callosum (PEBAT)	AR	17	21
TBCE	Progressive encephalopathy with amyotrophy and optic atrophy (PEAMO)	AR	12	8
TBCK	Hypotonia, infantile, with psychomotor retardation and characteristic facies 3	AR	14	16
TBL1XR1*	Mental retardation, autosomal dominant 41, Pierpont syndrome	AD	25	23
TCF4	Corneal dystrophy, Fuchs endothelial, Pitt-Hopkins syndrome	AD	105	146
TK2#	Mitochondrial DNA depletion syndrome	AR	38	52
TPK1	Thiamine metabolism dysfunction syndrome 5	AR	14	11
TPP1	Spinocerebellar ataxia, Neuronal ceroid lipofuscinosis type 2	AR	75	112
TRAK1	Epileptic encephalopathy	AR	1	6
TREX1	Vasculopathy, retinal, with cerebral leukodystrophy, Chilblain lupus, Aicardi-Goutières syndrome	AD/AR	30	71
TRIM8	Epileptic encephalopathy	AD	1	2
TRIT1	Combined oxidative phosphorylation deficiency 35		2	6
TSC1	Lymphangioleiomyomatosis, Tuberous sclerosis	AD	177	372
TSC2	Lymphangioleiomyomatosis, Tuberous sclerosis	AD	396	1195
TSFM#	Combined oxidative phosphorylation deficiency	AR	6	6
TTC19	Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 2	AR	13	10
TUBA1A*	Lissencephaly	AD	69	65
TUBB2A*	Cortical dysplasia, complex, with other brain malformations 5	AD	12	5
TUBB2B*	Polymicrogyria, asymmetric	AD	21	30
TUBB4A*	Leukodystrophy, hypomyelinating, Dystonia	AD	39	42
UBA5*	Epileptic encephalopathy, early infantile, 44, Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 24	AR	16	15
UBE2A	Mental retardation, syndromic, Nascimento	XL	9	25
UBE3A*	Angelman syndrome	AD	176	202
UBTF	Neurodegeneration, childhood-onset, with brain atrophy	AD	3	1
UNC80	Hypotonia, infantile, with psychomotor retardation and characteristic facies 2	AR	26	20
VAMP2		AD
VARS	Early-onset progressive encephalopathy with brain atrophy and thin corpus callosum (PEBAT), Encephalopathy, progressive	AR	12	6
VPS13A	Choreoacanthocytosis	AR	19	115
WARS2	Encephalopathy, mitochondrial	AR	6	14
WASF1	Intellectual disability and seizures	AD	3	3
WDR26	Skraban-Deardorff syndrome	AD	13	34
WDR45	Neurodegeneration with brain iron accumulation	XL	46	78
WWOX	Epileptic encephalopathy, early infantile, Spinocerebellar ataxia	AR	43	45
YWHAG	Epileptic encephalopathy, early infantile, 56	AD	3	5
YY1	Gabriele-de Vries syndrome (GADEVS)	AD	8	23
ZDHHC9	Mental retardation, syndromic, Raymond	XL	9	14
ZEB2*	Mowat-Wilson syndrome	AD	154	287
ZFYVE26	Spastic paraplegia 15	AR	63	39
ZNHIT3#	PEHO syndrome		5	1
ZSWIM6	Acromelic frontonasal dysostosis	AD	4	2

Σημειώσεις

Συντμήσεις & Παραπομπές

Γονίδιο → Σύμβολο γονιδίου εγκεκριμένο από την HGNC.
Κληρονομικότητα → αυτοσωμική επικρατής (AD), αυτοσωμική υπολειπόμενη (AR), μιτοχονδριακή (mi), φυλοσύνδετη (XL), φυλοσύνδετη επικρατής (XLD), φυλοσύνδετη υπολειπόμενη (XLR).
ClinVar → αριθμός παθογόνων/πιθανώς παθογόνων παραλλαγών (ClinVar).
HGMD → αριθμός παραλλαγών με πιθανή συσχέτιση με ασθένειες (HGMD).
Συσχετιζόμενοι φαινότυποι → συντάχθηκαν από το CGD ή το Mitomap.

Μη κωδικοποιητικές παραλλαγές που καλύπτονται από τον Πλήρη Γονιδιακό Έλεγχο για την Επιληψία

Γονίδιο	Γονιδιωματική θέση HG19	HGVS	RefSeq	RS-αριθμός
ADSL	Chr22:40742514	c.-49T>C	NM_000026.2
AIFM1	ChrX:129274636	c.697-44T>G	NM_004208.3
AIFM1	ChrX:129299753	c.-123G>C	NM_004208.3	rs724160014
ALDH3A2	Chr17:19561044	c.681-14T>A/G	NM_001031806.1
ALDH3A2	Chr17:19561044	c.681-14T>A	NM_001031806.1
ALDH3A2	Chr17:19561044	c.681-14T>G	NM_001031806.1
ALG6	Chr1:63871975	c.347-13C>G	NM_013339.3
AMT	Chr3:49459938	c.-55C>T	NM_000481.3	rs386833677
ARG1	Chr6:131901748	c.306-611T>C	NM_000045.3
ARSA	Chr22:51064121	c.1108-12C>G	NM_000487.5	rs757806374
ARSA	Chr22:51064129	c.1108-20A>G	NM_000487.5
BTD	Chr3:15683399	c.310-15delT	NM_000060.2	rs587783008
CACNA1A	Chr19:13317355	c.1500_1504dupCTTTT	NM_001127221.1
CACNA1A	Chr19:13341036	c.5404-13G>A	NM_001127221.1
CACNA1A	Chr19:13617793		NM_001127221.1	rs965852937
CASR	Chr3:121994640	c.1378-19A>C	NM_001178065.1
CDKL5	ChrX:18525053	c.-162-2A>G	NM_003159.2	rs786204973
CLN3	Chr16:28493392	c.1056+34C>A	NM_000086.2
CLN3	Chr16:28497984	c.461-13G>C	NM_000086.2	rs386833721
CLN6	Chr15:68506515	c.297+113G>C	NM_017882.2
COL4A1	Chr13:110802675	c.*35C>A	NM_001845.4
COL4A1	Chr13:110802678	c.*32G>A/T	NM_001845.4
COL4A1	Chr13:110802679	c.*31G>T	NM_001845.4
CSF1R	Chr5:149440654	c.1859-119G>A	NM_005211.3
D2HGDH	Chr2:242680425	c.293-23A>G	NM_152783.3
DARS2	Chr1:173797449	c.228-22T>A	NM_018122.4
DARS2	Chr1:173797449	c.228-22T>C	NM_018122.4
DARS2	Chr1:173797450	c.228-21_228-20delTTinsC	NM_018122.4
DARS2	Chr1:173797450	c.228-21_228-20delTTinsCC	NM_018122.4
DARS2	Chr1:173797455	c.228-16C>A	NM_018122.4
DARS2	Chr1:173797455	c.228-16C>G	NM_018122.4
DARS2	Chr1:173797456	c.228-15C>G	NM_018122.4
DARS2	Chr1:173797456	c.228-15C>A	NM_018122.4
DARS2	Chr1:173797459	c.228-12C>A	NM_018122.4	rs9425753
DARS2	Chr1:173797460	c.228-11C>G	NM_018122.4	rs368644758
DEPDC5	Chr22:32150851	c.-57G>C	NM_001242896.1
DHDDS	Chr1:26774026	c.441-24A>G	NM_024887.3	rs764831063
EFHC1	Chr6:52284844		NM_018100.3	rs559477321
EIF2B5	Chr3:183855941	c.685-13C>G	NM_003907.2
ETFDH	Chr4:159593534	c.-75A>G	NM_004453.2
ETHE1	Chr19:44031407		NM_014297.3
FDFT1	Chr8:11660094		NM_004462.3
FDFT1	Chr8:11689003	c.880-24_880-23delTCinsAG	NM_004462.3
FGF12	Chr3:191857076	c.*4722T>C	NM_021032.4
FKTN	Chr9:108368857	c.648-1243G>T	NM_006731.2
FLNA	ChrX:153581587	c.6023-27_6023-16delTGACTGACAGCC	NM_001110556.1
GABRA1	Chr5:161274418	c.-248+1G>T	NM_000806.5
GABRB3	Chr15:27018162	c.-53G>T	NM_000814.5
GABRB3	Chr15:27019011	c.-902A>T	NM_000814.5
GABRB3	Chr15:27020313	c.-2204G>A	NM_000814.5
GABRB3	Chr15:27020399	c.-2290T>C	NM_000814.5	rs546389769
GALC	Chr14:88401064	c.*12G>A	NM_000153.3	rs372641636
GALC	Chr14:88459574	c.-66G>C	NM_000153.3	rs146439771
GALC	Chr14:88459575	c.-67T>G	NM_000153.3	rs571945132
GALC	Chr14:88459917	c.-74T>A	NM_001201402.1
GALC	Chr14:88459971	c.-128C>T	NM_001201402.1	rs181956126
GAMT	Chr19:1399508	c.391+15G>T	NM_138924.2	rs367567416
GCDH	Chr19:13010271	c.1244-11A>G	NM_000159.3
GCH1	Chr14:55369403	c.-22C>T	NM_000161.2
GJC2	Chr1:228337558	c.-170A>G	NM_020435.3
GJC2	Chr1:228337561	c.-167A>G	NM_020435.3
GJC2	Chr1:228337709	c.-20+1G>C	NM_020435.3
GRN	Chr17:42422701	c.-9A>G	NM_002087.2
GRN	Chr17:42422705	c.-8+3A>T	NM_002087.2	rs63751020
GRN	Chr17:42422705	c.-8+3A>G	NM_002087.2
GRN	Chr17:42422707	c.-8+5G>C	NM_002087.2	rs63750313
KCNJ10	Chr1:160039811	c.-1+1G>T	NM_002241.4	rs796052606
L2HGDH	Chr14:50735527	c.906+354G>A	NM_024884.2
MLC1	Chr22:50523373	c.-42C>T	NM_015166.3	rs771159578
MOCS1	Chr6:39874534	c.365_366delAG	NM_005943.5	rs397518419
MOCS1	Chr6:39876810	c.*7+6T>C	NM_005943.5
MOCS1	Chr6:39894006	c.251-418delT	NM_005943.5
MTHFR	Chr1:11850973	c.1753-18G>A	NM_005957.4	rs777661576
MTHFR	Chr1:11863212	c.-13-28_-13-27delCT	NM_005957.4	rs786204005
NDUFAF5	Chr20:13767051	c.223-907A>C	NM_024120.4
NDUFAF6	Chr8:96046914	c.298-768T>C	NM_152416.3	rs575462405
NDUFAF6	Chr8:96048588	c.420+784C>T	NM_152416.3	rs749738738
NOTCH3	Chr19:15303132	c.341-26_341-24delAAC	NM_000435.2
NSDHL	ChrX:152037789	c.*129C>T	NM_015922.2	rs145978994
OFD1	ChrX:13768358	c.935+706A>G	NM_003611.2	rs730880283
OFD1	ChrX:13773245	c.1130-22_1130-19delAATT	NM_003611.2	rs312262865
OFD1	ChrX:13773249	c.1130-20_1130-16delTTGGT	NM_003611.2
PEX6	Chr6:42933858	c.2301-15C>G	NM_000287.3	rs267608236
PEX6	Chr6:42933952	c.2300+28G>A	NM_000287.3	rs267608237
PGK1	ChrX:77381262	c.1214-25T>G	NM_000291.3
PLP1	ChrX:103031997	c.4+78_4+85delGGGGGTTC	NM_000533.3
PLP1	ChrX:103041680	c.453+28_453+46delTAACAAGGGGTGGGGGAAA	NM_000533.3
PLP1	ChrX:103042405	c.454-322G>A	NM_000533.3
PLP1	ChrX:103042413	c.454-314T>A/G	NM_000533.3
PLP1	ChrX:103042413	c.454-314T>A	NM_000533.3
PLP1	ChrX:103042413	c.454-314T>G	NM_000533.3
PNKP	Chr19:50364799	c.1387-33_1386+49delCCTCCTCCCCTGACCCC	NM_007254.3	rs752902474
POLR3A	Chr10:79737218	c.*18C>T	NM_007055.3
POLR3A	Chr10:79743781	c.3337-11T>C	NM_007055.3
POLR3A	Chr10:79769273	c.1909+22G>A	NM_007055.3	rs191875469
POLR3A	Chr10:79769277	c.1909+18G>A	NM_007055.3	rs267608677
POLR3B	Chr12:106804589	c.967-15A>G	NM_018082.5
POLR3B	Chr12:106831447	c.1857-12A>G	NM_018082.5	rs528038639
PPT1	Chr1:40539203	c.526_529delATCA	NM_000310.3	rs386833624
PPT1	Chr1:40558194	c.125-15T>G	NM_000310.3	rs386833629
PRRT2	Chr16:29825620	c.*345G>A	NM_001256443.1
PSAP	Chr10:73583679	c.778-26C>A	NM_001042465.1
PTS	Chr11:112098994	c.84-323A>T	NM_000317.2	rs794726657
PTS	Chr11:112099026	c.84-291A>G	NM_000317.2
PTS	Chr11:112101310	c.187-38dupG	NM_000317.2
QDPR	Chr4:17500790	c.436+2552A>G	NM_000320.2
RNASEH2B	Chr13:51501530	c.65-13G>A	NM_024570.3
RNASEH2B	Chr13:51519550	c.511-13G>A	NM_024570.3
ROGDI	Chr16:4852483	c.46-30_45+37delGGCGGGGC	NM_024589.2	rs786205125
SCN1A	Chr2:166848946	c.4820-14T>G	NM_006920.4
SCN1A	Chr2:166854699	c.4306-14T>G	NM_006920.4
SCN1A	Chr2:166908215	c.964+14T>G	NM_006920.4	rs794726837
SCN1A	Chr2:166911289	c.474-13T>A	NM_006920.4	rs1057520357
SERAC1	Chr6:158576548	c.92-165C>T	NM_032861.3
SERAC1	Chr6:158576622	c.92-239G>C	NM_032861.3
SGSH	Chr17:78190802	c.249+27_249+28delGG	NM_000199.3
SLC19A3	Chr2:228560811	c.980-14A>G	NM_025243.3	rs200542114
SLC2A1	Chr1:43395462	c.680-11G>A	NM_006516.2
SLC2A1	Chr1:43424429	c.-107G>A	NM_006516.2
SNORD118	Chr17:8076761		NR_033294.1	rs116395281
SNORD118	Chr17:8076761		NR_033294.1
SNORD118	Chr17:8076762		NR_033294.1	rs201787275
SOX10	Chr22:38412215	c.-31954C>T	NM_006941.3	rs606231342
SOX10	Chr22:38412781	c.-32520C>G	NM_006941.3	rs533778281
SPTAN1	Chr9:131390187	c.6690-17G>A	NM_001130438.2	rs796053325
TAF1	ChrX:70749635			rs397509359
TBCD	Chr17:80851411	c.1564-12C>G	NM_005993.4
TPP1	Chr11:6637752	c.887-18A>G	NM_000391.3
TSC1	Chr9:135800306	c.363+668G>A	NM_000368.4
TSC2	Chr16:2106052	c.600-145C>T	NM_000548.3
TSC2	Chr16:2107460	c.848+281C>T	NM_000548.3	rs45517132
TSC2	Chr16:2110656	c.976-15G>A	NM_000548.3	rs45517150
TSC2	Chr16:2127477	c.2838-122G>A	NM_000548.3
TSC2	Chr16:2138031	c.5069-18A>G	NM_000548.3	rs45484794
TTC19	Chr17:15903121	c.-42G>T	NM_017775.3	rs769078093
WDR45	ChrX:48934430	c.236-18A>G	NM_007075.3
ZEB2	Chr2:145274987	c.-69-1G>A	NM_014795.3
ZEB2	Chr2:145274988	c.-69-2A>C	NM_014795.3

Υπόμνημα

HGVS: Ονοματολογία της Εταιρείας Παραλλαγών του Ανθρώπινου Γονιδιώματος που χρησιμοποιείται για την περιγραφή παραλλαγών αλληλουχίας (π.χ., c.2678-15C>A).
RefSeq: Προσχώρηση ακολουθίας αναφοράς (μεταγραφή) που χρησιμοποιείται για σχολιασμό παραλλαγής (NCBI RefSeq, π.χ., NM_000138.4).
RS-αριθμός: Αναγνωριστικό αναφοράς dbSNP (rsID) για την παραλλαγή όταν είναι διαθέσιμη.
Γονιδιωματική θέση (HG19): Χρωμοσωμικές συντεταγμένες με βάση την δομή του ανθρώπινου γονιδιώματος GRCh37/hg19.

Ο γενετικός έλεγχος του γονιδίου πραγματοποιείται με τη λήψη ενός δείγματος αίματος ή με τη λήψη γενετικού υλικού από το εσωτερικό των παρειών (με μπατονέτα) και μπορεί να γίνει:

Με λήψη του δείγματος στη Διαγνωστική Αθηνών. Κλείστε το ραντεβού σας σε πραγματικό χρόνο και αγοράστε την εξέταση online
Με λήψη του δείγματος στο σπίτι. Σας στέλνουμε όλα τα απαραίτητα υλικά συλλογής στο σπίτι σας μέσω courier. Η επιστροφή του δείγματος στο εργαστήριο γίνεται επίσης μέσω courier. Αγοράστε την εξέταση online

Πλεονεκτήματα της Εξέτασης

Η εξέταση χαρακτηρίζεται από τα ακόλουθα πλεονεκτήματα:

Η ανάλυση πραγματοποιείται σε διαπιστευμένο εργαστήριο (CAP) με τη συμμετοχή πιστοποιημένου προσωπικού (CLIA) σε κλινικές εξετάσεις.
Χρησιμοποιούνται προηγμένες τεχνολογίες αλληλούχησης, μέθοδοι εμπλουτισμού στόχου υψηλής απόδοσης και ακριβείς βιοπληροφορικές διαδικασίες, οι οποίες εξασφαλίζουν κορυφαία αναλυτική επίδοση.
Τα περιεχόμενα των γονιδιακών πάνελ έχουν κατασκευαστεί με προσοχή ώστε να είναι κλινικά αποτελεσματικά και επιστημονικά τεκμηριωμένα.
Σε ορισμένα γονιδιακά πανελ περιλαμβάνεται η ολική αλληλούχηση του μιτοχονδριακού γονιδιώματος (βλ. ενότητα Γονίδια που Ελέγχονται).
Στην κλινικού επιπέδου NGS ανάλυση περιλαμβάνονται περίπου 2.000 μη κωδικοποιητικές παθογόνες παραλλαγές (βλ. ενότητα Μη κωδικοποιητικές παραλλαγές που καλύπτονται από τον πίνακα).
Εφαρμόζεται αυστηρό σύστημα ταξινόμησης παραλλαγών.
Χρησιμοποιείται συστηματική ροή ερμηνείας με ιδιόκτητο λογισμικό, που επιτρέπει ακριβή και ιχνηλάσιμη επεξεργασία των δεδομένων NGS.
Παρέχονται αναλυτικές και ολοκληρωμένες κλινικές αναφορές.

Περιορισμοί της Εξέτασης

Υπάρχουν ορισμένοι τεχνικοί και βιολογικοί περιορισμοί:

Τα ακόλουθα εξόνια δεν περιλαμβάνονται στο πάνελ, καθώς δεν καλύπτονται επαρκώς από υψηλής ποιότητας αναγνώσεις αλληλούχισης: ALDH5A1 NM_170740.1:5, AP4S1 NM_001254727.2:6, ARV1 NM_001346992.2:4, DEAF1 NM_001293634.1:9, DEGS1 NM_001321541.2:3, DHPS NM_001206974.2:1, GABRG2 NM_198903.2:6, GFM2 NM_001281302.2:2, KIAA1715 (NM_001305009.1:10), OCLN NM_001205254.2:5-8, SLC39A8 NM_001135148.2:1, TK2 NM_001271934.2:3, TSFM NM_001172696.2:5, ZNHIT3 NM_001281432.2:5.
Γονίδια με υποβέλτιστη κάλυψη σημειώνονται με δίεση (#), ενώ εκείνα με τμηματικούς διπλασιασμούς (μερικούς ή ολικούς) που επικαλύπτονται με περιοχές ψευδογονιδίων κατά UCSC σημειώνονται με αστερίσκο (*).
Ένα γονίδιο θεωρείται ότι έχει υποβέλτιστη κάλυψη όταν >90% των στοχευμένων νουκλεοτιδίων δεν καλύπτονται σε >20x με δείκτη ποιότητας χαρτογράφησης (MQ>20). Στις περιπτώσεις αυτές, η ανίχνευση παραλλαγών μπορεί να είναι περιορισμένη.

Δεν ανιχνεύονται μέσω της εξέτασης:

Πολύπλοκες αναστροφές
Μετατροπές γονιδίων (gene conversions)
Ισορροπημένες μεταθέσεις
Διαταραχές επαναλήψεων (repeat expansion disorders), εκτός αν αναφέρεται διαφορετικά
Μη κωδικοποιητικές παραλλαγές πέραν των ±20 ζευγών βάσεων από τα όρια εξονίων–ιντρονίων, εκτός αν έχει καθοριστεί διαφορετικά
Ολόκληρο το μιτοχονδριακό γονιδίωμα δεν περιλαμβάνεται σε όλα τα γονιδιακά πάνελ (βλ. Γονίδια που Ελέγχονται)

Η ανίχνευση ενδέχεται να μην είναι αξιόπιστη για:

Χαμηλού επιπέδου μωσαϊκισμό σε πυρηνικά γονίδια (παραλλαγές με συχνότητα ελάσσονος αλληλίου ~14,6% ανιχνεύονται με πιθανότητα 90%)
Εκτεταμένες ακολουθίες μονονουκλεοτιδικών επαναλήψεων
Χαμηλού επιπέδου ετεροπλασμία σε mtDNA (ανιχνεύεται >90% σε επίπεδο 5%)
Ενθέσεις/απαλοιφές >50 ζευγών βάσεων
Διαγραφές ή διπλασιασμούς ενός εξονίου
Παραλλαγές σε περιοχές ψευδογονιδίων ή διπλασιασμένα τμήματα του γονιδιώματος
Παθογόνες παραλλαγές του mtDNA που δεν ανιχνεύονται στο αίμα· σε αυτές τις περιπτώσεις ενδέχεται να απαιτείται δείγμα από μετα-μιτωτικό ιστό (π.χ. σκελετικός μυς) για την επιβεβαίωση της διάγνωσης

Για πρόσθετες λεπτομέρειες, δείτε την ενότητα Βιοπληροφορική & Απόδοση.

Βιοπληροφορική

Η στοχευμένη περιοχή για κάθε γονίδιο περιλαμβάνει τα κωδικά εξόνια καθώς και ±20 ζεύγη βάσεων από τα όρια εξονίου–ιντρονίου. Επιπλέον, το πάνελ μπορεί να περιλαμβάνει μη κωδικές και ρυθμιστικές παραλλαγές, όπως αναφέρεται στην ενότητα «Μη κωδικές παραλλαγές που καλύπτονται από το πάνελ». Συγκεκριμένες περιοχές ορισμένων γονιδίων ενδέχεται να εξαιρεθούν από την ανάλυση, εφόσον αυτό αναφέρεται στην ενότητα «Περιορισμοί της εξέτασης». Όταν η εξέταση περιλαμβάνει το μιτοχονδριακό γονιδίωμα, η στοχευμένη περιοχή καλύπτει επίσης το σύνολο των μιτοχονδριακών γονιδίων.

Τα δεδομένα αλληλούχισης επεξεργάζονται μέσω ιδιόκτητου συστήματος ανάλυσης και σχολιασμού του συνεργαζόμενου διαπιστευμένου εργαστηρίου, το οποίο ενσωματώνει προηγμένους αλγορίθμους και λογισμικά. Στην πορεία της διαδικασίας έχουν ενσωματωθεί πολλαπλά στάδια ποιοτικού ελέγχου, διασφαλίζοντας την ακρίβεια, την εγκυρότητα και τη συνέπεια των αποτελεσμάτων. Η ανάλυση έχει βελτιστοποιηθεί ώστε να μεγιστοποιεί την ευαισθησία χωρίς να θυσιάζει την ειδικότητα.

Όλα τα ευρήματα συνοψίζονται σε λεπτομερή κλινική αναφορά, η οποία περιλαμβάνει δείκτες ποιότητας αλληλούχισης, πληροφορίες κάλυψης σε επίπεδο γονιδίου και επισήμανση πιθανών περιοχών με χαμηλότερη κάλυψη (<20x για τα πυρηνικά γονίδια και <1000x για το μιτοχονδριακό DNA, όπου εφαρμόζεται). Με αυτόν τον τρόπο διασφαλίζεται η διαφάνεια και υποστηρίζεται η ακριβής κλινική ερμηνεία.

Απόδοση Ανάλυσης

Τα γονίδια που περιλαμβάνονται στο πάνελ έχουν επιλεγεί προσεκτικά, με βάση επιστημονική βιβλιογραφία, βάσεις δεδομένων μεταλλάξεων και τη συσσωρευμένη κλινική εμπειρία.

Όλα τα πάνελ προέρχονται από κλινικού επιπέδου, υψηλής ποιότητας ανάλυση NGS. Αναλυτικές πληροφορίες σχετικά με την ικανότητα ανίχνευσης διαφορετικών τύπων γενετικών αλλοιώσεων παρουσιάζονται στον πίνακα απόδοσης ανάλυσης και ανίχνευσης (βλ. Πίνακα).

Η εξέταση έχει επικυρωθεί για διάφορους τύπους δειγμάτων, όπως αίμα σε EDTA, απομονωμένο DNA (εκτός DNA από ιστούς ενσωματωμένους σε παραφίνη με φορμόλη), σάλιο και αποξηραμένες σταγόνες αίματος σε κάρτες. Οι συγκεκριμένοι τύποι δειγμάτων επιλέχθηκαν ώστε να εξασφαλίζεται η μέγιστη πιθανότητα λήψης DNA υψηλής ποιότητας. Η διαγνωστική απόδοση μπορεί να διαφέρει ανάλογα με τον τύπο της εξέτασης, τον θεράποντα ιατρό, το νοσοκομείο και τη χώρα. Η ανάλυση Plus που χρησιμοποιείται ενισχύει περαιτέρω την πιθανότητα γενετικής διάγνωσης, καθώς οι μεγάλες απαλοιφές και διπλασιασμοί δεν μπορούν να ανιχνευθούν αποκλειστικά μέσω αλληλούχισης. Η προσέγγιση αυτή συνδυάζει τόσο την αλληλούχιση όσο και την ανάλυση απαλοιφών/διπλασιασμών (copy number variants, CNVs).

Οι δείκτες απόδοσης που παρατίθενται παρακάτω βασίζονται σε αρχική επικύρωση που πραγματοποιήθηκε σε διαπιστευμένο κλινικό εργαστήριο, με ισοδύναμα αποτελέσματα να έχουν επιβεβαιωθεί και σε επιπλέον εργαστηριακές εγκαταστάσεις.

Απόδοση της κλινικής βαθμίδας NGS ανάλυσης, για τα πάνελ γονιδιακών ελέγχων

Τύπος παραλλαγής	Ευαισθησία % (TP/(TP+FN))	Ειδικότητα %
Μονο-νουκλεοτιδικές παραλλαγές (SNVs)	99.89% (99,153/99,266)	>99.9999%
Εισαγωγές, διαγραφές και indels με ανάλυση αλληλουχίας
1-10 bp	99.2% (7,745/7,806)	>99.9999%
11-50 bp	99.13% (2,524/2,546)	>99.9999%
Μεταβολές αριθμού αντιγράφων (CNVs, σε επίπεδο εξονίου)
Διαγραφή 1 εξονίου (ετερόζυγη)	100% (20/20)	NA
Διαγραφή 1 εξονίου (ομόζυγη)	100% (5/5)	NA
Διαγραφή 1 εξονίου (ετερόζυγη ή ομόζυγη)	100% (25/25)	NA
Διαγραφή 2-7 εξονίων (ετερόζυγη ή ομόζυγη)	100% (44/44)	NA
Διπλασιασμός 1-9 εξονίων (ετερόζυγη ή ομόζυγη)	75% (6/8)	NA
Προσομοιωμένη ανίχνευση CNVs
Διαγραφή/διπλασιασμός 5 εξονίων	98.7%	100.00%
Μικρο-διαγραφές/-διπλασιασμοί (n=37)
Εύρος μεγέθους (0.1–47 Mb)	100% (25/25)

Δείκτες κάλυψης

Μέσο βάθος αλληλούχισης	143X
Νουκλεοτίδια με κάλυψη >20x (%)	99.86%

Απόδοση ανάλυσης μιτοχονδριακού γονιδιώματος

Τύπος παραλλαγής / κατάσταση	Ευαισθησία %	Ειδικότητα %
Αναλυτική επικύρωση (n=4 δείγματα)
SNVs Ετεροπλασμικές (45-100%)	100% (50/50)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (35-45%)	100% (87/87)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (25-35%)	100% (73/73)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (15-25%)	100% (77/77)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (10-15%)	100% (74/74)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (5-10%)	100% (3/3)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (<5%)	50% (2/4)	100%
Κλινική επικύρωση (n=76 δείγματα)
SNVs Ετεροπλασμικές (45-100%)	100% (1940/1940)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (35-45%)	100% (4/4)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (25-35%)	100% (3/3)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (15-25%)	100% (3/3)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (10-15%)	100% (9/9)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (5-10%)	92.3% (12/13)	99.98%
SNVs Ετεροπλασμικές (<5%)	88.9% (48/54)	99.93%
Indels 1-10bp (45-100% ετερ.)	100% (32/32)	100%
Indels 1-10bp (5-45% ετερ.)	100% (3/3)	100%
Indels 1-10bp (<5% ετερ.)	100% (5/5)	99.997%
Δεδομένα προσομοίωσης
Indels 1-24bp Ομοπλασμικές (100%)	100% (17/17)	99.98%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (50%)	100% (17/17)	99.99%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (25%)	100% (17/17)	100%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (20%)	100% (17/17)	100%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (15%)	100% (17/17)	100%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (10%)	94.1% (16/17)	100%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (5%)	94.1% (16/17)	100%
CNVs (τεχνητές μεταλλάξεις; n=1500)
Ομοπλασμικές (100%) 500bp–5kb	100%	100%
Ετεροπλασμικές (50%) 500bp–5kb	100%	100%
Ετεροπλασμικές (30%) 500bp–5kb	100%	100%
Ετεροπλασμικές (20%) 500bp–5kb	99.7%	100%
Ετεροπλασμικές (10%) 500bp–5kb	99.0%	100%

Δείκτες κάλυψης μιτοχονδριακής ανάλυσης

Δείκτης	Μέσος όρος διαμέσων	Διάμεσος διαμέσων
Μέσο βάθος αλληλούχισης MQ0 (κλινικό)	18224X	17366X
Νουκλεοτίδια με κάλυψη >1000x MQ0 (%)	100%
Κυτταρική σειρά ρ0 (=χωρίς mtDNA), μέσο βάθος	12X

Παρέχονται ολοκληρωμένες κλινικές αναφορές, σχεδιασμένες ώστε να προσφέρουν στους θεράποντες ιατρούς ουσιαστικές και αξιοποιήσιμες πληροφορίες. Η κλινική ερμηνεία απαιτεί στέρεη γνώση της κλινικής γενετικής και των γενετικών αρχών. Οι αναφορές συντάσσονται από ομάδες μοριακών γενετιστών, ειδικών ιατρών και άλλων έμπειρων επαγγελματιών, οι οποίοι αξιολογούν τις ταυτοποιημένες γενετικές παραλλαγές σε συνάρτηση με τα φαινοτυπικά δεδομένα που παρέχονται στο ιατρικό ιστορικό.

Στόχος είναι οι αναφορές να είναι κλινικά χρήσιμες και κατανοητές από όλους τους επαγγελματίες υγείας, ανεξάρτητα από το επίπεδο εκπαίδευσής τους στη γενετική. Κεντρικό ρόλο κατέχει η ταξινόμηση των παραλλαγών, η οποία καθορίζει την ερμηνεία και κατευθύνει τις αποφάσεις για τη διαχείριση των ασθενών. Η ταξινόμηση πραγματοποιείται σύμφωνα με τις κατευθυντήριες οδηγίες ACMG 2015. Παραλλαγές αλληλουχίας και αριθμού αντιγράφων που ταξινομούνται ως παθογόνες, πιθανώς παθογόνες ή αμφίβολης σημασίας (VUS), επιβεβαιώνονται με διπλής κατεύθυνσης αλληλούχηση Sanger ή με μεθόδους όπως qPCR/ddPCR, όταν οι ποιοτικοί δείκτες του NGS δεν επαρκούν για ένα αποτέλεσμα υψηλής αξιοπιστίας.

Σε κάθε αναφορά περιλαμβάνονται πίνακες με τις παραλλαγές στην αλληλουχία και στον αριθμό αντιγράφων, στους οποίους παρουσιάζονται βασικές πληροφορίες όπως γονιδιωματικές συντεταγμένες, ονοματολογία HGVS, ζυγωτία, συχνότητες αλληλίων, προβλέψεις in silico, φαινοτυπικές συσχετίσεις και η ταξινόμηση της παραλλαγής. Επιπλέον, παρέχονται αναλυτικές περιγραφές για την παραλλαγή, το γονίδιο και τους σχετικούς φαινότυπους, περιλαμβάνοντας τον ρόλο του γονιδίου στη νόσο, το φάσμα μεταλλάξεων, δεδομένα πληθυσμιακής συχνότητας και συσχετίσεις με παθολογικές καταστάσεις. Παρατίθενται επίσης βιβλιογραφικές αναφορές, περιλήψεις και βάσεις δεδομένων, ώστε να είναι δυνατή η περαιτέρω αξιολόγηση των ευρημάτων.

Οι αναφορές διαρθρώνονται σε δύο ενότητες: κύρια ευρήματα και πρόσθετα ευρήματα.

Κύρια ευρήματα θεωρούνται οι παραλλαγές που είναι γνωστό ότι προκαλούν νόσο ή οι σπάνιες παραλλαγές που μπορούν να εξηγήσουν τον φαινότυπο του ασθενούς. Στο συμπέρασμα συνοψίζονται όλα τα διαθέσιμα δεδομένα και παρατίθεται η τεκμηρίωση της ταξινόμησης.

Πρόσθετα ευρήματα περιλαμβάνουν παραλλαγές που, σύμφωνα με τα τρέχοντα δεδομένα, δεν επαρκούν για να εξηγήσουν τον φαινότυπο. Σε αυτά περιλαμβάνονται ετερόζυγες παραλλαγές σε γονίδια με αυτοσωμικό υπολειπόμενο πρότυπο, παραλλαγές αμφίβολης σημασίας σε αυτοσωμικά επικρατή γονίδια (όταν υπάρχει ήδη παθογόνος ή πιθανώς παθογόνος παραλλαγή που ερμηνεύει τον φαινότυπο), καθώς και αλληλόμορφα κινδύνου που ανιχνεύονται στα εξεταζόμενα γονίδια.

Η ανίχνευση παθογόνων ή πιθανώς παθογόνων παραλλαγών σε επικρατή νοσήματα ή ο συνδυασμός παραλλαγών σε αμφότερα τα αλληλόμορφα σε υπολειπόμενα νοσήματα θεωρείται μοριακή επιβεβαίωση της κλινικής διάγνωσης. Σε αυτές τις περιπτώσεις, ο έλεγχος συγγενών μπορεί να αξιοποιηθεί για εκτίμηση του κινδύνου. Δεν συνιστάται η χρήση των παραλλαγών αμφίβολης σημασίας (VUS) για οικογενειακή εκτίμηση του κινδύνου ή για λήψη κλινικών αποφάσεων. Η γενετική συμβουλευτική κρίνεται απαραίτητη.

Αναλύονται εκατομμύρια παραλλαγές από χιλιάδες περιστατικά σπάνιων νοσημάτων, με αποτέλεσμα να εμπλουτίζεται συνεχώς η βάση δεδομένων και η κατανόηση των σχέσεων παραλλαγών–φαινοτύπου. Με την πάροδο του χρόνου, παραλλαγές που είχαν αναφερθεί σε παλαιότερες αναφορές ενδέχεται να αναταξινομηθούν. Εάν κάποια παραλλαγή που είχε δηλωθεί ως κύριο ή πρόσθετο εύρημα αλλάξει κατηγορία (π.χ. από VUS σε παθογόνο/πιθανώς παθογόνο ή αντίστροφα) εκδίδεται επικαιροποιημένη αναφορά προς τον θεράποντα ιατρό χωρίς πρόσθετη οικονομική επιβάρυνση.

Βήμα 1

Κλείστε ραντεβού και αγοράστε την εξέταση online

Επιλέξτε από όλο το φάσμα των εξετάσεων Πρόληψης, Ανδρολογίας και Διαγνωστικών, κλείστε ραντεβού σε πραγματικό χρόνο και αγοράστε την online.

Βήμα 2

Λήψη δείγματος

Επισκεφθείτε το πιστοποιημένο εργαστήριο της Διαγνωστικής Αθηνών την ημέρα και ώρα που έχετε επιλέξει, για τη διενέργεια της δειγματοληψίας.

Βήμα 3

Λήψη αποτελεσμάτων εξέτασης

Κατεβάστε τα αποτελέσματα της εξέτασης σας εύκολα και με ασφάλεια οποιαδήποτε στιγμή θέλετε, κάνοντας σύνδεση στον προσωπικό σας λογαριασμό.