Η άτυπη βακτηριακή πνευμονία προκαλείται από άτυπους οργανισμούς που δεν είναι ανιχνεύσιμοι στη χρώση κατά Gram και δεν μπορούν να καλλιεργηθούν χρησιμοποιώντας τυπικές μεθόδους. Οι πιο συνηθισμένοι οργανισμοί είναι το Mycoplasma pneumoniae, το Chlamydophila pneumoniae και η Legionella pneumophila. Η άτυπη βακτηριακή πνευμονία γενικά χαρακτηρίζεται από ένα σύμπλεγμα συμπτωμάτων που περιλαμβάνει πονοκέφαλο, χαμηλό πυρετό, βήχα και κακουχία. Τα γενικά συμπτώματα συχνά υπερισχύουν των αναπνευστικών ευρημάτων. Αν και στις περισσότερες περιπτώσεις η νόσος μπορεί να είναι στο ηπιότερο φάσμα της εξω-νοσοκομειακής πνευμονίας, ορισμένες περιπτώσεις, ειδικά αυτές που προκαλούνται από L. pneumophila, μπορεί να εμφανιστούν ως σοβαρή πνευμονία, απαιτώντας εισαγωγή σε μονάδα εντατικής θεραπείας.
Άλλα πιθανά παθογόνα (αν και σπάνια) περιλαμβάνουν άλλα είδη Chlamydophila, άλλα είδη Legionella, Coxiella burnetiid (πυρετός Q) και ιούς του αναπνευστικού.
Η γνώση της νόσου και η κλινική υποψία είναι σημαντικές, αλλά δεν επαρκούν για τη διάγνωση. Μόνο συγκεκριμένες μικροβιολογικές εξετάσεις επιτρέπουν μια αξιόπιστη διάγνωση, η οποία είναι χρήσιμη για την υποχρεωτική αναφορά και έχει μεγάλη αξία για επιδημιολογικούς σκοπούς. Μια αξιόπιστη μικροβιολογική διάγνωση επιτρέπει την προσαρμογή του τύπου και της διάρκειας της θεραπείας, ακόμη και σε περιπτώσεις όπου είχε χορηγηθεί επαρκής εμπειρική, προσανατολισμένη στις κατευθυντήριες γραμμές, θεραπεία.
Το Chlamydophila (πρώην Chlamydia) pneumoniae είναι υποχρεωτικώς ενδοκυττάριος μικροοργανισμός. Σύμφωνα με τα στατιστικά στοιχεία, το C. pneumoniae είναι ο αιτιολογικός παράγοντας του 5-15% περίπου των περιπτώσεων πνευμονίας που έχουν αποκτηθεί εκτός νοσοκομείου (στην κοινότητα). Ο επιπολασμός της νόσου που προκαλείται από αυτόν τον μολυσματικό παράγοντα τείνει να αυξάνεται. Η εργαστηριακή διάγνωση με χρήση μικροβιολογικών τεχνικών είναι περίπλοκη. Η σύγκριση μεταξύ της ευαισθησίας της μικροσκοπικής μεθόδου και της PCR δείχνει ότι η συχνότητα ανιχνευσιμότητας του παθογόνου με μικροσκοπική εξέταση είναι μόνο 10-12% και με PCR τουλάχιστον 98% αντίστοιχα. Εφόσον πληρούνται οι απαιτήσεις για τις τεχνικές κυτταροκαλλιέργειας, η ευαισθησία για τη διάγνωση των χλαμυδίων είναι 60-80%, ενώ η PCR έχει ευαισθησία τουλάχιστον 95-98%.
Το Mycoplasma pneumoniae είναι ένας μονοκύτταρος Gram-αρνητικός μικροοργανισμός χωρίς κυτταρικό τοίχωμα. Είναι εξαιρετικά δύσκολο να καλλιεργηθούν αυτοί οι μικροοργανισμοί και θεωρούνται επιφανειακοί μικροοργανισμοί των κυττάρων του βλεννογόνου. Τα κλινικά, ακτινολογικά και τα κλασικά εργαστηριακά δεδομένα των λοιμώξεων που προκαλούνται από M. pneumoniae είναι συνήθως ανεπαρκή για να τεθεί ακριβής διάγνωση βάσει αυτών. Επομένως, η εργαστηριακή διάγνωση θα πρέπει να περιλαμβάνει άμεσες μεθόδους (πρώτον και κύρια PCR) για την ανίχνευση του μικροοργανισμού στα βιολογικά υλικά.
Η Legionella pneumophila είναι ένα Gram-αρνητικό βακτήριο, που πολλαπλασιάζεται σε συστήματα κλιματισμού, ντους, υγραντήρες και συσκευές εισπνοής και προκαλεί τη νόσο των λεγεωνάριων. Η διάγνωση βασίζεται στα αποτελέσματα των μικροβιολογικών καλλιεργειών και των ορολογικών εξετάσεων (έμμεσος ανοσοφθορισμός). Για την επιβεβαίωση της διάγνωσης χρησιμοποιούνται διαγνωστικές εξετάσεις που βασίζονται στην PCR.
Στοιχεία επιπολασμού για ασθενείς που εισάγονται στις ΜΕΘ με πνευμονίες της κοινότητας (εκτός νοσοκομείου): 17.8% των λοιμώξεων οφείλονται σε Legionella pneumophila, 2.7% σε Mycoplasma και 2.2% σε Chlamydophila. Επομένως, η λεγεωνέλλωση πρέπει να λαμβάνεται υπόψη σε όλους τους ασθενείς που εισάγονται στη ΜΕΘ με σοβαρή πνευμονία. Το Mycoplasma pneumoniae και το Chlamydophila pneumoniae προκαλούν σπανίως σοβαρή νόσο σε ανοσοεπαρκείς ενήλικες, ενώ πιο συχνά διαγιγνώσκονται σε παιδιά, ηλικιωμένους ή ανοσοκατεσταλμένους ξενιστές.
